Высшим органом управления МАИН (Алматы) является сессия общего собрания.

Руководящим органом Академии между сессиями общего собрания является Президиум Академии, возглавляемый Президентом Академии.

Научная деятельность МАИН (Алматы) осуществляется в рамках семи секций, возглавляемых членами Президиума Академии.

Исполнительным органом МАИН является дирекция Академии, возглавляемая генеральным директором МАИН.
В состав дирекции входят департаменты.

Деятельность в регионах осуществляют филиалы (представительства).